根據(jù)認定管理工作需要，科技部、財政部、稅務總局按照《認定辦法》的要求，可組織專家對各地高新技術企業(yè)認定管理工作進行重點檢查，對存在問題的視情況給予相應處理。
企業(yè)獲得高新技術企業(yè)資格后，在其資格有效期內(nèi)應每年5月底前通過“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，報送上一年度知識產(chǎn)權(quán)、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表（附件6）；在同一高新技術企業(yè)資格有效期內(nèi)，企業(yè)累計兩年未按規(guī)定時限報送年度發(fā)展情況報表的，由認定機構(gòu)取消其高新技術企業(yè)資格，在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告。
認定機構(gòu)應提醒、督促企業(yè)及時填報年度發(fā)展情況報表，并協(xié)助企業(yè)處理填報過程中的相關問題。
對已認定的高新技術企業(yè)，有關部門在日常管理過程中發(fā)現(xiàn)其不符合認定條件的，應以書面形式提請認定機構(gòu)復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構(gòu)取消其高新技術企業(yè)資格，并通知稅務機關追繳其不符合認定條件年度起已享受的稅收優(yōu)惠。
屬于對是否符合《認定辦法》第十一條（除（五）款外）、第十七條、第十八條和第十九條情況的企業(yè)，按《認定辦法》規(guī)定辦理；屬于對是否符合《認定辦法》第十一條（五）款產(chǎn)生異議的，應以問題所屬年度和前兩個會計年度（實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營時間計算）的研究開發(fā)費用總額與同期銷售收入總額之比是否符合《認定辦法》第十一條（五）款規(guī)定進行復核。
高新技術企業(yè)發(fā)生名稱變更或與認定條件有關的重大變化（如分立、合并、重組以及經(jīng)營業(yè)務發(fā)生變化等），應在發(fā)生之日起三個月內(nèi)向認定機構(gòu)報告，在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上提交《高新技術企業(yè)名稱變更申請表》（附件7），并將打印出的《高新技術企業(yè)名稱變更申請表》與相關證明材料報認定機構(gòu)，由認定機構(gòu)負責審核企業(yè)是否仍符合高新技術企業(yè)條件。
企業(yè)僅發(fā)生名稱變更，不涉及重大變化，符合高新技術企業(yè)認定條件的，由認定機構(gòu)在本地區(qū)公示10個工作日，無異議的，由認定機構(gòu)重新核發(fā)認定證書，編號與有效期不變，并在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告；有異議的或有重大變化的（無論名稱變更與否），由認定機構(gòu)按《認定辦法》第十一條進行核實處理，不符合認定條件的，自更名或條件變化年度起取消其高新技術企業(yè)資格，并在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告。
1. 《認定辦法》第十八條中整體遷移是指符合《中華人民共和國公司登記管理條例》第二十九條所述情況。
2. 跨認定機構(gòu)管理區(qū)域整體遷移的高新技術企業(yè)須向遷入地認定機構(gòu)提交有效期內(nèi)的《高新技術企業(yè)證書》及遷入地工商等登記管理機關核發(fā)的完成遷入的相關證明材料。
3. 完成整體遷移的，其高新技術企業(yè)資格和《高新技術企業(yè)證書》繼續(xù)有效，編號與有效期不變。由遷入地認定機構(gòu)給企業(yè)出具證明材料，并在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告。
1. 有《認定辦法》第十九條所列三種行為之一的企業(yè)，自行為發(fā)生之日所屬年度起取消其高新技術企業(yè)資格，并在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告。
2. 認定機構(gòu)應依據(jù)有關部門根據(jù)相關法律法規(guī)出具的意見對“重大安全、重大質(zhì)量事故或有嚴重環(huán)境違法行為”進行判定處理。
3. 已認定的高新技術企業(yè)，無論何種原因被取消高新技術企業(yè)資格的，當年不得再次申請高新技術企業(yè)認定。
